艘一等信报船；而军输船中队则根据所辖军用运输的载荷大小有独特的编制，通常每个中队或辖一艘三万料级巨型军输船和一艘二万料级大型军输船或辖两艘二万五千料重型军输船。
之所以将中队的编制固化，是为了方便舰队一级根据不同烈度的作战需要编组大小适宜的分舰队，因此从这一角度来看，分舰队便成了临时性的编制；至于各镇守府则可以视作常设的港口分舰队，而根据镇守府的规模大小，每个镇守府下辖若干巡航船、信报船、军输船中队，只不过原编列的杂式船只将被统一的三等巡航船、三等信报船、一万五千料中型军用运输船、一万料轻型军用运输船及五千料小型近海运输船所替代。
鉴于华夏水师编制的庞大，改编将是一个漫长的过程，等到整个整编计划完成后，华夏水师将拥有五十四门炮以上一至四等巡洋舰五十六艘，四十门炮以上一至二等巡航船一百四十艘，三等巡航船以下辅助船只超过四百艘，几乎相当于此时英法荷三国海军的总和。而且与陆师执行的移防改置政策一样，水师各中队之间也将每隔三年进行一次大规模的换防，只是由于各镇守府名下中队装备的船只船型较小的原因，因此换防只在镇守府与镇守府之间、外洋舰队与外洋舰队之间进行，至于人事交