流则不限于三年的概念。
由于华夏水师不单包括外洋水师，因此内河水师一样进行了改编——长江内河水师被分拆成负责洞庭湖及武昌上游地区的荆江舰队、负责鄱阳湖及赣江流域的湖口舰队和负责长江中下游的两江舰队；黑龙江内河水师也拆分为乌苏里江舰队、松花江和牛满江舰队、黑龙江上游舰队——再加上原有的珠江内河舰队、湄公河舰队在内，内河水师也分成八个舰队。
内河外洋水师整编为舰队之后，配合作战的龙骧军也从原来的八个师一下子扩充到十九个师，然后在部队数目增加的同时，单个师的兵员却依照骑军、马步军的编制予以缩编为每师六千人，以适应更灵活的调度。
水师的整编动作很大，但却不是这次水师改制中最最重要的部分。为了更好执行华夏海路并进的国策并依照水陆两军不同的特点实施有效的指挥，郑克臧在单一兵部体制不做变动的情况下，将枢密院一分为二，分别组建负责指挥陆师的北枢密院以及负责指挥水师的南枢密院。麻英如愿以偿的成为首任南枢密院使，而原枢密副使金言智也取代尹民通成为首任北枢密院师。在南枢密院成立后，为了加强水师方面的话语权，郑克臧还改变了原定将蒙古义从军并入神策军的计划，规定神策军为