叙、晋升、贬谪、校阅、预算、兵器制造的陆军部和负责水军同等事务的水军部，负责全国预算、决算和经费调拨的度支部，负责矿山开采、商品生产、销售的盐铁部，负责教育的学部，负责官员任命、铨叙、分发、考核的审官院，负责祠祭、典礼和仪制的礼仪院，负责审理案件的大审院，负责监察的监察院，负责警察事务的警政衙门和负责监狱的狱政衙门，负责税收的、由度支部、盐铁部共同派员掌握的税务衙门，负责外蕃和外国往来事务的总理蕃洋列国事务衙门，由税务衙门、警政衙门、总理蕃洋列国事务衙门派员共同负责的海关衙门，负责国库的国库衙门，负责铸印货币的货泉衙门，有陆军部、水军部、盐铁部、度支部共同派员管理的马政衙门，负责医政和官方医疗的太医院，负责内外章奏和臣民密封申诉之件的通政院。
至于隋唐以降历朝历代都设置的翰林院以及郑克臧试图仿效法国科学院设立的格致院，这一次都没有被纳入幕府当中，同样情况的还有詹事府、钦天监。
以上各部设从二品的尚书和从三品的侍郎各一员，部下设司，司设从四品郎中一员和从五品的员外郎各一员，司下设科，每科有从六品的主事一员，从七品的从事两员，正八品至从九品的书办若干员。除了上述