人员以外，部司还有正四品、正五品的巡官各一员，正六品和正七品的巡官若干员。其中尚书、侍郎、郎中、员外郎、主事均留京办公，巡官除承担分担部务以外还要出差地方。另外，部有负责部务的正六品左右丞各一员，司有负责协调职责的正七品司务一员，其下也有书办若干。
各衙门设正三品的会办大臣一员，正四品的协办大臣一员，其下设相当于部属司的局，局设郎中、员外郎，局下设科，科设主事、从事、书办，至于巡官、左右丞、局务也一并设置，只是各级官员的品阶均比各部要低了一等。
审官院、大审院、监察院各设正二品的正卿和正三品的少卿一员，通政院和太医院同样设置正卿和少卿，只不过通政院的正卿、少卿只有正三品和正四品，而太医院的正卿、少卿更是只有从三品和从四品。
相当于原来吏部的审官院，下设文选、差遣、考功、存档等四个厅，分设正四品提举一人，正五品管勾一人。厅下设处，每个处有正六品都事一人，正七品知事两人，从七品以下书办若干。院内同样设置巡官若干，以帮助从事纷繁的政务。
类似大理寺的大审院则在少卿以下设正四品院监一人，从四品院丞两人，主持院务，此外还有十二名正四品的评事