镶蓝旗人，郑亲王乌尔恭阿第六子，郑亲王端华之弟）的倾力推荐下，曾国藩终于如愿以偿，被任命为两江总督，统辖江苏、安徽、江西、浙江四省军务，巡抚、提督以下悉归节制，从此集军、政、财权于一身，成为清军镇压太平天国的最高统帅。
具有讽刺意义的是，恰好就是在这一年，英法联军进犯北京，闯入圆明园，大肆抢掠之后，将这座中外驰名、精美绝伦的“万园之园”付之一炬。圆明园的命运浸透着那个时代的风雨烟尘。最美好的东西，却被以最粗暴的方式毁灭——在战乱岁月，中国的人和物的命运常常如此。不过，最具有讽刺意义的是，当外国强盗们将圆明园烧成残垣断壁的时候，在中原腹地两江，号称大清中兴第一名臣的曾国藩却正在倾尽全力围剿太平天国。
曾国藩在两江总督的位子上一坐就是五年。这期间，湘军已经攻破天京，曾国藩被封为一等勇毅侯，成为清代以文人封武侯的第一人。他随即被任命为钦差大臣，调去围剿捻军，由李鸿章接替他做了两江总督。不过，李鸿章两江总督的位子还没坐热，曾国藩因围剿捻军无功，被免去钦差大臣职务，改由李鸿章接任，曾国藩又重新回来做了两江总督。
［“捻”本为淮北方言，意为一股、一伙。捻子