所创的“戚家军”模式，以家族、同乡、师生等关系为纽带，依托于一张强大的私人关系网。整个湘军从上至下采取层层相依、各对其上级负责的办法，由曾国藩指定统领，统领自选营官，营官自选哨官，哨官则自行招募什长。各营编列番号，互不统属，直接受曾国藩指挥。这一套系统，开近代军阀制度“兵为将有”之先河，成为清代兵制一大变革。最直接的后果，就是导致湘军具有很强的排他性，除了曾国藩外，旁人很难指挥得动。曾国藩坐了一年多冷板凳后，战局恶化，湘军将领完全不服清廷调遣，咸丰皇帝才不得不再次起用曾国藩，但仍然对他心存顾忌，未把他所希望得到的两江总督位子给他。
直到咸丰十年（1860），清廷用来围困太平天国京师天京的江南、江北大营彻底瓦解，已经到了无兵可战、无饷可发的绝境，咸丰皇帝才被迫让步，不得不将镇压太平天国的希望完全放到曾国藩等汉人大臣身上。他这一生中，最不能放心的有两个人，第一个是他的弟弟奕?，第二个便是曾国藩。要说不放心的程度，曾国藩尚排在奕?之上。可是皇帝现在却要倚靠一个他最不能放心的人来挽救清朝统治，这实在是历史绝大的讽刺。
咸丰十年（1860），在御前大臣肃顺（清朝宗室，