芝龙也知道商毅现在已经由南京朝廷封为临邑候，并受任浙江巡抚，在南明朝廷中的地位可以说是举足轻重，因此对商毅也更为忌惮，于是也打算趁着这次进南京的机会，借路过浙江之机，见一见商毅，看看他到底是怎么样的一个人，然后再决定对付他的办法。
在昨天郑芝豹从杭州返回郑芝龙的船队，也把自己在杭州的所见所闻向郑芝龙汇报了一遍，郑芝龙虽然当时不置可否，但心里确实吃惊不小。而现在在杭州海面上，见到商家军海军的这个阵势，郑芝龙心里也清楚，商毅的海军实力绝对不弱，虽然说还没有超过自己，但也相差不远了。因此在心里也暗暗盘算，应该怎样与商毅交涉。
郑芝龙在下属的簇拥下，从船上下来之后，踏上了栈桥，这时商毅己经迎了上来，见郑芝龙四十岁上下年纪，细眉长目，相貌颇为斯文，双手抱拳，拱手施礼道：“郑总兵，久仰大名。”
论官职两人都是总兵，但爵位郑芝龙还要比商毅低一级，而且商毅还是巡抚，因此在礼仪上郑芝龙是低于商毅的，虽然郑芝龙并不看重官职，但刚才看到了商毅显示出的海上实力，对他也不敢小视，而见商毅也只是二十五六上下的年纪，更是惊异，也赶忙还礼，道：“商总兵，岂敢、岂敢。”