，在过去，无论是刘香还是李魁奇，都是海盗身份，而郑芝龙接受了明朝的招安之后，摇身一变也成为朝廷官员，不仅能在沿海获得立足之地，用时也得到了明朝在人力物力上的大力支持，因此在与他们的海上争斗中，也占尽了优势，最终成为最后的嬴家，对荷兰人的战斗也同样是如此。在这一点上，郑芝龙比刘香、李魁奇等人明显要高明得多。
因为商毅也是朝廷官员，官职比郑芝龙还高，在朝中似乎还有不小的靠山，同时商毅还是浙江总兵，郑芝龙有很大一部份商品都是从浙江购买，一但和商毅恶交，对郑芝龙的商业影响也很大。而且从商毅过去的战绩来看，显然和一般的眀军大不相同，那怕这些战绩只有一半是真的，郑芝龙也没有战而胜之的把握。因此用过去对付刘香、李魁奇等人的办法来，以武力来对付商毅，显然是行不通的。
而就在这时，北京失守，崇祯架崩，南京朝廷建立等一系列消息也都传到了泉州，在这种动荡的时刻，郑芝龙也不得不把精力放在南京朝廷上，因此也只能放弃对商毅的关注。朱由崧登基之后，封郑芝龙为安南伯，郑鸿逵为靖鲁伯，并驻守镇江，按明朝的规据，郑芝龙应该亲自到南京去面见新皇帝谢恩。
不过在诏书传到泉州的之后，郑