聿键又征求了茅元仪等人的意见，决定建立总参谋部。总参谋部设总参谋长一名，暂时由茅元仪担任，副参谋长两名，分别由袁崇焕和孙传庭两人担任。总参谋部作为海陆军作战最高指挥部门只对八贤王负责，统一下达指挥命令，但是具体作战方案由战场主官自行决断。
军校开设参谋系，招收文化程度比较高的学员，大量培养参谋人才。为了陆军将在团级以上设立参谋机关，帮助军事主官进行作战谋划，但是参谋人员只有建议权，不得干预军事主官的指挥。海军则在分舰队级别以上设立参谋机关，权力与陆军相同。
考虑到军官们对朝廷职务的渴望，特制定了各种官职对应从朝廷职衔。其中参谋长和海军舰队提督达到了总兵衔，海军副提督和陆军军长一级是副总兵衔，海军分舰队提督和陆军师长一级为副将衔以此类推。
政务方面的政务院总理孙承宗是布政使衔，这也是朱聿键能封的最大文官了，其他各级也都有封赏，总之整个封地内的军政官员都与朝廷官职有所对应了，这让大家的底气都足了许多。
除了军事指挥问题之外，朱聿键感觉在思想上的问题同样重要。虽然军中和民间都进行了多年的民族主义教育，但是忠君思想仍然深入人心，许多人私下