周士相成婚之后，一直留在南京，并没有回镇江。
大都督府已经由镇江迁到南都，衙所设在原两江总督衙门所在。随着宪令改制的推行，南都再一次成为权力中心。镇江那里则为第五战区指挥机构临时驻地，负责新二军和新三军的训练作战事项。
内阁由六大学士理政，首辅仍为文渊阁大学士郭之奇、次辅为华盖殿大学士张煌言、群辅为东阁大学士洪育鳌、武英殿大学士丁之相、谨身殿大学士袁廓宇、文华殿大学士扶纲。品阶皆定正一品。
六部改制动作并不大，只将原兵部职能归入大都督府，新设学部和库部，其它各部职事不变。
学部组建之后，以原永历朝廷大学士扶纲为学部尚书，主管中央至地方的学堂教育事，并主持两年一次的会试。
扶纲是崇祯六年举人、七年进士，郭之奇则是天启七年举人、崇祯元年的进士，所以资历上扶纲比郭之奇低了些。不过在永历朝廷，郭之奇一直在外联络招募兵马抗清，扶纲则始终伴随永历，并且出任过次辅。当年李定国从安龙将永历迁到昆明时，便曾有意由扶纲出任首辅，后因清军大举入滇，此事遂罢。
扶纲出掌学部，并用入阁理事，是周士相对扶纲一直以来坚持抗清