商人同海外贸易，因为暂时无法和吕宋等地进行大规模贸易，广东商人的目光便都集中在安南一带。
两条航道的开辟保证了远征军从安南得到的大量粮食和资源能够快速运往广东，但同时，这两条航道的繁荣也吸引了活跃在南海的海盗目光，使得广东水师不得不将重心转向对海盗的围剿任务中。经过一系列的围剿，猖獗的海盗活动得到有效遏制，但却不能彻底根治，这主要是因为海盗的窝点在茫茫大海中难以发现，二来是海盗改变了策略，不再袭击太平军的运粮船只，而是专门袭击没有兵船押送的贸易船只，得手之后便立即潜逃。往往等到船商报讯被劫时，海盗早已无影无踪。
广东水师的主力都已编入远征军，留下的船只只能执行近海作战任务，故远征军水师统制官吴远成立了一支水师陆战队，全员配以火铳，震天雷等火器，以分队为编制投入商船护航。当然，所需花费都是船商承担，船商则将这部分花费转嫁到贸易的安南人身上，稍稍压低收购价，便足以承担护船的额外花费。
广东方面除了鼓励商人从事海贸外，还有计划的将海商组织起来，一些从水师淘汰下来的战船，甚至现役的战船都折价卖给这些海商，武器方面从火炮、火铳、刀剑弓弩无一不卖。除此之外