洪承畴真是为吴三桂鞠躬尽瘁，死而后已了。
吴三桂自昆明起兵北上后，洪承畴便以留守大学士、云贵总督的身份主持云贵二省事务。在云南巡抚林天擎、贵州巡抚张国柱的协助配合下，云贵地区社会秩序渐趋稳定，生产开始恢复。
洪承畴又以永历帝朱由榔的名义广招云贵境内潜藏、归隐的前明官员，分别予以任用，对曾参与过那嵩父子造反的土司也既往不咎，各给官拉拢，又命各地驻军招揽流民，开垦荒地，对贫苦百姓免除赋税，除此之外，还收容归返了数万当日昆明大乱时随朱由榔西逃的昆明百姓。在洪的大力整治下，仅云南一省，数月间就清户增丁十三万之多。
洪承畴命贵州巡抚张国柱集中官兵修缮贵阳至云南官道，沿途多设驿站，令得云贵交通大便。军事上，张国柱撤回了湘黔边境的清军，并派使向太平军示好。桂黔边境，除独龙堡等军事要镇驻有吴军精兵外，其余各堡多数放弃，洪承畴以此举向太平军表明吴军方针是北上，而非与太平军相争。
除此之外，洪承畴又以永历帝命令委任王绪为滇南宣抚使，派人赴缅甸境内招揽流散明军，老弱者择地屯垦安置，精壮者充选入营。又大力打击土匪马祸，民者十户编保，十保编甲，一甲