置官吏，种种措施之下，云贵治安大好。
对原孙可望麾下大西军既未降清又未降李定国的各部，洪承畴也是大力拉拢，原孙可望谋士，竭力劝孙可望称帝的方于宣、兵部尚书任撰等人都被洪承畴招揽，这使得一万多散落在贵州山林地区坚持抗清的驾前军纷纷从林中走出，接受吴军改编。洪承畴将他们编为两营兵，一营为“忠勇”、一营为“义勇”，忠勇驻贵州，义勇开往重庆。
洪承畴又以贵阳原孙可望“国主府”为永历皇帝行在，设内阁，置六部。吴三桂尚在贵阳时意要洪承畴出任内阁首辅，洪却坚辞不就，只要吴三桂以永历名义召回在夔东的文安之，以文为首辅。吴三桂问其为何不肯就首辅，洪道出心声，曰“心亏，名亏”。
洪的这个理由显然不能让吴三桂信服，倘洪承畴心亏名亏，他吴三桂岂不是处处都亏。最后，洪承畴坦言他已年老，此生不复其他追求，但求能为长伯之萧何，死亦无憾。（作者注：长伯，吴三桂字）
吴三桂领军入川入陕后，洪承畴一边治理云贵，一边殚精竭虑为吴军筹措粮草。云贵本就贫瘠之地，当年孙可望治云贵，年年大熟，遂有力支撑了大西军出滇抗清，但经清军南下一路屠戮摧残，不仅民众十不存二三，田地也荒废