太平军新二镇奉命攻打位于赣州东北的兴国府。镇将朱庆来亲率一旅兵连破清兴国守将康清泉设置的木城五座，俘斩清兵千余人。24日午时，太平军进至距兴国城五六里处，康清泉挥军迎战，为太平军所败，退入城中。次日，太平军开始攻城，当时上游暴雨，致使河水泛涨，不能涉渡。朱庆来遂命在西、北两门外和南门旱路上挖濠栽桩，防止清军突围。
连遭惨败，又与南昌、吉安失去联系，兴国孤城一座，清军军心不稳。太平军围城只两日，清军便行瓦解，于日夜间出东门渡河逃窜。太平军占领兴国城，清兴国知府章天闻自缚投降。朱庆来命章天闻仍为兴国知府，命发榜安民，留兵数百以镇地方，其余诸部乘势尾随追击清军，向宁都方向展开攻势。
败逃清军为北方客军，没有什么本乡本土的观念，逃跑路上竟然大肆祸害百姓。此时明清相争，天下未靖，稍有家财的人都是把金银财宝埋藏起来，等天下太平之时再取出。有地方百姓看到清军过来，不以清军乃是败逃而来，慑于清军往日威风，纷纷献上吃食，不想清军却将百姓抓起，拷问谁家有钱，随后便将有钱之人架在火上烤，若是苦主不肯将藏钱交出，便活活烤死。有些肥胖之人，往往死后一地油脂，极为恶心惨烈。