太平军解决三江口清军后，即传檄广州府所辖各县，至九月底，实际控制香山、增城、番禺、顺德、东莞、三水、新宁、清远等县，另有南海、佛山、新安、连山州等县或被迫反正，或主动反正。
广州府辖十五县一散州只龙门和丛化两县据城自守，不愿归降太平军。龙门叫尚可远所领平南藩下汉军攻破，丛化则叫南雄副将孙义部并太平军一部攻破。二部破城时对城中百姓多有杀戮，言称有辫者即为刁民，逮之便杀，造成二县万余百姓丧命。
消息传至广州，周士相立即发下严令，称日后凡破府县，不论有辫是否无辫，都不得滥杀。有辫者为难民，无辫者为顺民，除非该城守军对太平军造成重大伤亡，否则不得屠城。
为严明军纪，以正太平军大明王师之名，周士相下令斩攻破龙门军百户，原任平南藩下协领一员；总旗二人，原任平南藩下佐领两员，以为惩戒。同时派员接管丛化与龙门县务，调香山县永乐乡长宋达明、龙眼乡长万长隆为二县知县。另令广州府立即调运钱粮安置二县难民，接济百姓，建乡设村，以为长久之计。
反正诸县，只名义上属广州府管辖，南海、佛山、新安、连山州四州县仍旧由原先清廷委任的知县管事，这几县的营兵也