从三江口回到广州后，周士相立即着手进行整军，首先便是令各部统计兵马，计有兵21500人，青壮民夫14000人。其中降兵人数为10600人，后备兵连同辎重营兵5500人，原属太平军步军左右二营、新兵营战兵为5000人左右。
在回广州的路上，周士相已经想好如何整军扩军，他意将太平军设立为四镇，从各部中挑选精兵编入第一、第二镇，剩余编为第三镇，余下则为第四镇。
一镇编制具体为:20兵为一伍，设伍正一名、衔小旗；3伍为一队，设队正一名、衔总旗官；一队所辖3伍分别以甲乙丙命名，队正又设直属兵十员，掌扈卫、旗鼓号令事，另设伙兵5员，故一队兵额为75人；3队为一卫，设卫尉一名，衔百户，卫下所辖队以甲乙丙名之，卫正又有直属兵20员，称之为卫兵，掌扈卫、旗鼓号令事，故一卫兵额245人.
3卫为一营，设营尉一名，衔千户。营下所辖卫以甲乙丙名之，营尉下设直属兵40员，称营兵，掌扈卫、旗鼓号令事，故一营兵额775人；3营为一旅，设旅校一名，衔指挥同知；营以甲乙丙名之，旅尉下设直属兵100员，称旅兵，掌扈卫、旗鼓事；故一营兵额2425人。
3旅为一