万历二十五年，丰臣秀吉出兵十四万人，第二次入侵朝鲜。
明廷派兵应战，但明廷与朝鲜显然存在剧烈的军事分歧，在朝鲜边界，大明军官指责朝鲜军官故意放纵日本人，目的是借日本人的手帮助朝鲜收复辽东地区。
指控无疾而终，当然这种指控毫无目的性，除了加剧大明与朝鲜的冲突，于对抗日本无益。
等到万历二十六年，丰臣秀吉死去，同年，朝鲜将军李舜臣战死。
万历二十七年，日本军队全部撤出朝鲜，日本战败。
日本人认为这场由丰臣秀吉发动的侵略战争于日本国毫无益处，但这次战役沉重地加重了大明王朝的经济负担，以及直接削弱了明朝政府对边境防御的能力。
日本对朝鲜的侵略战争是一次毁灭性的掠夺，朝鲜国内的建筑被毁坏，而他们的书画艺术作品和钱财器物全部被洗劫，朝鲜遭受了空前灾难，这场大明、朝鲜与日本的战争最后的获利者只有日本德川家康和满洲的努.尔哈赤。
大明王朝在丰臣秀吉侵略时期给予了朝鲜无偿的军事援助，朝鲜人或许怀有负罪感，在后来努.尔哈赤崛起又咄咄逼人的时刻，他们在很长时间内不肯与女真人妥协。
明王朝后