他决定趁着蒙古内战，派遣大将军丘福去交兵蒙古。
据大明朝自己的文官记载，永乐帝与蒙古这一战，出动了十万军队。
可惜丘福骄傲自大，他钻进了蒙古人的圈套，蒙古人诈退，丘福带兵深入斡难河（现蒙古共和国与黑龙江交界处）以西，最后丘福将军与士兵失去联系，明军兵败，丘福本人亦战死。
大明与蒙古之间是一部说不尽的血肉与战争史，丘福战败刺激了永乐皇帝，他打算亲征。
永乐庚寅年丁酉月壬子日，永乐帝亲征到克鲁伦河北岸，明军打败了东蒙古的阿鲁台，接着大明和阿鲁台维持着脆弱的停火关系。
永乐皇帝在对抗蒙古人的时候处于更强有力的地位，特别是在阿鲁台帮他粉碎了瓦剌部之后，永乐帝给予他和他的母亲册封尊贵的头衔。
但阿鲁台期望的是永乐皇帝给予他一些商业特权，等他的期盼落空之后，叛逆之心又起，阿鲁台杀死了边境城堡兴和的将领，并且洗劫城池。
他促使永乐帝第三次亲征蒙古，并且这回明军足有二十三万之众，阿鲁台龟缩，导致明军扑空。
后头阿鲁台又开始滋扰边境，导致永乐皇帝第四次亲征，阿鲁台依旧避开了明军的追击部队。