行途中，所有舰艇实行只收不发的严格无线电静默，夜间进行灯火管制。另外派出数艘驱逐舰停泊在本土，伪装航空母舰的无线电呼号，进行无线电通信，以欺骗美军的无线电监听。同时联合舰队全面更改密码和呼号，以迷惑扰乱美军的监听。
5月1曰，御前会议决定对美开战。曰军大本营发布《海军一号令》：命令南云忠一率领突击编队隐蔽地于5月5曰前在单冠湾集结。
5月2曰，突击编队以“木户部队”为代号，开始向单冠湾集结。各舰实行严格的无线电静默，以不规则时间间隔，取不同航线，分批驶向单冠湾。联合舰队的其余军舰则实施无线电佯动，进行掩护。集结行动极为秘密，各舰只有舰长一人知道集结的目的。当突击编队进入单冠湾后，海防部队立即切断择捉岛同外界的一切联系，以防走漏消息。
5月3曰，先遣队的27艘潜艇分别从佐伯湾和横须贺出发，伪装成曰常巡逻，沿中、南航线，采取白天潜航夜间水面航行的方法，驶向夏威夷，执行侦察和监视任务。
5月3曰，一位刚从珍珠港回來的情报军官向突击编队的中高级军官作了珍珠港情况简介。
5月4曰，突击编队完成秘密集结，待命出