十月十日，幕府同意将旗本的管理权上交天皇朝廷，天皇朝廷则宣布将拥有万石以上知行的前幕府旗本一次性升格为诸侯，双方各有所得，表面上自然皆大欢喜。天皇朝廷随即正式任命黑田家为北九州管领、岛津家为南九州管领、移广岛藩至今治并授浅野家为四国管领、加增长州藩广岛三十万石并授毛利家为山阳道管领。
同时，天皇朝廷还依约任命尾张藩为东海道管领、水户藩为关东八州管领、甲府藩为中山道管领、会津藩为越后出羽管领，并根据华夏的要求加增知行仙台藩十五万石并授予陆奥管领的职务。只是在山阴、北陆两地管领的任命上，京都朝廷耍了手腕。
十月十一日，日本朝廷以鸟取藩在讨伐幕府过程中首鼠两端为由，将其知行从三十二万五千石减封至十九万五千石，并由同族冈山藩接收伯耆一国。不过为了安抚池田家，朝廷宣布山阴管领一支由池田家两支轮流担人；同日，天皇朝廷又以同样理由削减加贺福井藩知行至六十五万石，使得加贺百万石的故事到此为止，只是同样出于安抚的目的，京都方面安排前田家与越前松平家轮流出任北陆道管领。
事不关己且能挑拨两藩与朝廷的关系，幕府自是乐得在一旁看好戏，至于利益受损的两藩虽然上下