管药政的机构“御药院”、“尚药局”，其中御药院保管国内外进献的珍贵药物，专为皇室贵族服务，而尚药局是为最高的药政机构，至于原来的太医局则专管医药教育。
北宋施行王安石变法之后，推行新政，按“市易法”设立了国家的药物贸易机构“官药局”，后改为“太平惠民局”，这是中国历史上最早的国家药局，也使药物管理纳入国家法制管理的范围，由国家控制药物贸易，实行专营，制止商人投机，对制药实行监管。“官药局”创办后，率先颁布了药物标准《太平惠民和剂局方》（简称“局方”），推行了成药，降低了药价，对人民的身体健康和疾病的救治、药物的贸易发展等都产生了很大的作用。宋代还曾以法律形式规定了医生的职业道德及医疗事故的责任，凡利用医药诈取财物者，以匪盗论处；庸医误伤致人死命者，以法绳之；主管官员不恤下属病苦者，亦予惩处。
到了元代，蒙古人占统治地位的大元朝廷在设置御药院、典药局等管理机构为皇室贵族修制御用药物及和剂的同时，还设置有面向民间的药政机构，如“广惠司”、“广济提举司”、“大都惠民局”、“回回药物院”等等。
到了明初，朱重八先是设置了医学提举司，洪武三年（1370年