。进入明郑时期后，位于天兴、万年两州（县）境内的西拉雅（siraiya）族的新港社、萧垄社、目加溜湾社、麻豆社以及日后高雄所在地区的塔加拉扬社、萧垄社以及屏东所在地区的小琉球社等相继为郑明政权提供赋税及劳役，其汉化程度也是最高的。
当然，也不是所有平埔番都对明郑方面的权威表示顺服。以巴布拉（vupuran）族为主体建立的“大肚王国”番仔王（注：平埔族称其为lelien，意为白昼之王或平埔太阳王）就在郑成功时代和郑经时代多次跟郑军发生武装冲突，先后杀死郑军将领高凌、杨祖等数百人，直至刘国轩大开杀戒将斗尾的龙岸社付之一炬后，才被迫放弃大肚台地以西神冈等地向更北面的埔里、水里等地方迁移……
然而等到郑克臧提议实施的移民实台的政策开始施行一段时间之后，前几年因为明郑扩张势头骤降以及注意力移向大陆而缓和下来的局面却有急剧恶化的迹象。各地平埔社番因为移民破坏森林植被、偷窃盗猎及土地边界纠纷等诸多的矛盾引发的冲突时有发生，甚至还出现了武装抗争的趋势。
“注意脚下！”在泥泞的道路上涉行，全副武装的甲字营显然吃了大苦头，不过长枪一队、火铳三队还算好的，暂时转行驱