如柑橘、枇杷、油桐、油茶、棕榈、茶、乌桕、杉木、马尾松和柏木等。
主脊偏居北侧，北坡陡而短，南坡缓而长。水系也不对称。山间多横谷，为南北交通孔道。宝成铁路沿嘉陵江河谷穿过山地。秦岭山地对气流运行有明显阻滞作用。夏季使湿润的海洋气流不易深入西北，使北方气候干燥；冬季阻滞寒潮南侵，使汉中盆地、四川盆地少受冷空气侵袭。因此秦岭成为亚热带与暖温带的分界线。秦岭以南河流不冻，植被以常绿阔叶林为主，土壤多酸性。秦岭以北为著名黄土高原，1月平均气温在0c以下，河流冻结，植物以落叶阔叶树为主，土壤富钙质。秦岭山地、白龙江流域尚保存连片森林，并有珍贵动物和植物。汉中佛坪为大熊猫产地之一。商洛地区的核桃、岷县的当归等均以高产优质著称。
秦岭南北坡的自然景观差异明显。属黄河流域的北坡为暖温带针阔混交林与落叶阔叶林地带。因长期的农业开发，现多为次生林。秦岭山区植物区系成分和动物种属成分具有明显的过渡性、混杂性和复杂多样性。野生动物中有大熊猫、金丝猴、羚羊等珍贵品种，鸟类有国家一类保护对象朱鹮和黑鹳。秦岭现设有国家级太白山自然保护区和佛坪自然保护区。
秦岭不仅分隔了黄河