逐渐脱离宗教的影响，吸取罗马法系中的优点，重新建立各自的新法制，按另一时空的进程，在三十多年以后，英国将发布《权利法案》，在一百多年以后，法国发布的《拿破仑法典》，都将使各自的法制大大提高。
因此中华帝国的司法部成立之后，商毅同时也决定，将在各省、府、州、县，都成立各级的司法部门，设立各级后法院、检查院、公安部等执法、审判机构，而且都是权力独立，直接对上级的司法部门付责，不受地方行政机关的控制。
虽然商毅制定的司法体系，和中国古代历朝的司法体纟有很大的不同，因此在提交给国会之后，也引发了非常激烈的辩论，不过在这个时候，商毅多年以来建立起来的巨大的威信力发挥了最重的作用，当然在另一方面来说，三权分立是建立国会的时候，就己经确定好的大原则，而且把司法从行政机构彻底分离开，进一步削弱内阁的权力，对国会来说，并没有损失，相反还能巩固国会的地位。
另外有不少头脑灵的国会议员心里都能够算清这笔帐，国会的制度就己经决定了，国会本身只能有立法权，而不能有执法权，一但执法权被内阁掌握，国会将很难与内阁相抗衡，因为从理论上说，内阁可以非常容易的利用司法机构，将不听