原则上，郑成功是不会被父子之情所左右。因此郑芝龙一家到了南京之后，商毅招待了他们几天，并且向郑芝龙表示了自己并不想和郑成功交战的意思，也不会扣留郑芝龙一家为质，而是会很快送他去泉州和郑成功团聚，只是希望郑芝龙能够劝说郑成功，不要陪着一个全无希望的朝廷殉葬。
不过在同时商毅也向郑芝龙郑重的指出，现在中华军己经在向福建发动进攻，如果郑成功依然不做决定，或者一定要为绍武朝廷尽忠，那么中华军就会马上向泉州进攻，决不留情。
这一次能够虎口余生，郑芝龙只到现在还有几分如在梦里的感觉，就在清廷输掉了中原大战的时候，郑芝龙己经有了大难将至的感觉，因此也做好了随着被清廷所杀的觉悟，博洛将他一家带走的时候，郑芝龙还以为这是大限终于来了。而得自己将被交换到南京，巨大的心理反差差一点让郑芝龙喜曚了，甚致在怀疑自己是不是在做梦。
好不容易确定了这不是做梦而是真的之后，郑芝龙忽怨又患得患失起来，在去南京的一路上郑芝龙又胡思乱想，自己被交换到南京，会不会是刚出虎口，又入狼窝，在南京又被商毅扣住不放，结果又是提心吊胆，又是忐忑不安。因此听到商毅这么一说，郑芝龙也才算完全放下心