这样算起来，商家军投入收复南京战役，要投入四个军，一支水军，总兵力将可以达到十五到十八万左右，这也是商家军有史以来，在一场战役中，投入兵力最多的一战，而且还是水陆两线的协同作战。全军包括商毅在内，也是第一次指挥这么多的军队。
不过战前的各种粮食、弹药、帐蓬、车辆、药品等物资都己经基本的准备齐全，另外还征调了四十万民夫，供应战事的运输所用。各方面的工作也是千头万缕，既繁锁，又复杂。好在是现在叶瑶瑱产后恢复得还不错，已经可以开始理事了，因此政务方面不需要商毅操心，同时还把王夫之和李松晨都解放出来，可以全意投入到战事的后勤供应中去。
这一次招来四位军长，是商议决定俱体的军事计划，众人经过了仔细的讨论之后，作出最终的决定，整个收复南京的军事计划将分三个阶段进行：第一阶段由第一、二军，加上长江舰队联合作战，首先要攻取镇江，直接危胁南京；第二阶段由第一、七军合力作战，攻取宁国府，第三军将从和州出兵，渡江进攻太平府，而第二军付责牵制南京的清军，长江舰队付责封锁南京一带的长江水道，完成对南京地区的彻底包围；而第三阶段就是集中全部兵力，全力进攻南京城。