进攻聚宝门的清军主将是屯齐，这里本来就是清军的主营所在地方，阿济格接到了正阳门、朝阳门都相继被攻破之后，立刻下令屯齐，也率军向聚宝门发动进攻。
这段时间以来，清军己经扎好了四百多个大木筏，在进攻正阳门、朝阳门各带去了一百个木筏，而在聚宝门一线，集中了二百多个木筏，以及一百多艘小船，开始强渡外秦淮河。因为这里有商家军守卫，因此清军也格外重视。同时还派出一部份兵力，进攻山川门，牵制住李定国部，实其不能来增援聚宝门。
如果仅仅只是聚宝门外的清军进攻，因为有外秦淮河为屏障，商家军的人数虽少，但也能抵挡住一阵，但清军攻破了正阳门和朝阳门被攻破之后，清军派出一支人马，在通济门附近渡过外秦淮河，沿着河北岸绕到聚宝门前，迫使商家军不得不分兵在外秦淮河北岸据守侧翼。这样一来，兵力就明显的捉襟见肘起来。
而就在这时，商毅也赶到了聚宝门外，这时战斗进行得正是激烈，在秦淮河面上，燃起了十几处火焰，将水面照得通亮，同时还有近百余艘舟船正冒着炮火，向北岸强渡过来。而在阵地的东边，也同时是枪炮之声，响个不停，显然也打得十分激烈。
商毅看了看现在的形式，