就知道对商家军十分不利，聚宝门显然是守不住了，因此也告诉杨武丞，立刻下令，马上向城内撤退。
不过虽然是撤退，但也绝不是一下子就放弃阵地，全部都退回到城里去，而是先从阵地上撤回两个营，在聚宝门的城头驻守，然后其他各部队都携带着自己的武器，依次从阵地上撤退，并且留下了足够断后的人马，这样井然有秩向撤退行动，再加上清军渡河的功夫，十分顺利的就全部退到了南京城墙边之后，同时在城墙上还有接应的部队进行掩护。
入城之后，商毅立刻下令，留下一个团，由自己带领，留在城墙上驻守，抵挡清军的进攻，而杨武丞带领另一个团也迅速退到城内，在内秦淮河的北岸建立防守战线，准备城内的巷战。
而清军渡过了秦淮河之后，也一刻没有停，马上架起了云梯，又向南京城墙发动了进攻，商家军虽然只有一个团守卫城墙，但却依托着南京高大的城墙，枪、炮、手榴弹、霹雳火箭等武器一起发射，利用凶狠的火力，也给清军造成了很大的伤亡。
但仗打到这一步了，清军也不能退缩，依然向墙头发动了一次又一次的猛攻。而且清军毕竟是人数众多，在一个点强攻不下，就把战线拉开，分散商家军的驻守兵力，这一来果然有效