而商家军也狠狠打击了几伙暴乱势力，结果只用了二三天时间，立刻使南京的秩序大为改观。
随后史可法又只身亲往驻守芜湖的黄得功大营，对其晓以大义，安抚黄得功部的军心，并声明朝廷只诛马士英一人，绝不牵连其人，让黄得功放心。
黄得功对史可法到是还有几分敬意，而且现在也知道商毅的上疏内容，看来商毅是支持南京朝廷的，又得到了史可法的保证，不会受马士英的牵连，因此也马上向史可法表示，自己绝无反心，原意继续为南明朝廷尽忠，并马上上表南京，说明自己对诛杀马士英的支持，表达自己的忠心。
随后史可法又赶到刘良佐的大营，见黄得功已经被史可法劝服了，刘良佐自己也不再硬抗下去，其实他们两人这一番闹滕并不是想为马士英翻案，而是为自己争取最大的利益，既然这个目地达到了，刘良佐自然也就见好就收，也学黄得功一样上疏表忠心。
安抚住了黄得功和刘良佐，史可法这才又回到南京。最大的外部危胁也解除了，南京城里的秩序也在逐渐的恢复，官员们这才都松了一口气，总算是熬出头来了。下一步也就是恢复朝廷的秩序和运作，首先是确定内阁人选，首辅已由史可法出任，原来的两名阁臣吴甡以次辅兼任户部