卖商铺也都停止营业，街头巷尾几乎空无一人，不时还可以看到地上躺着百姓的尸体，若大的南京城显得死气沉沉。
而在朝中，跟本就无人理事，另外南京城外的黄得功和刘良佐都己连上三份疏本，向朝廷质问马士英的死因，而且言词也越来越激烈，官员们只顾着互相争吵指责，推御自己的责任，整个朝廷几乎成了一个乱摊子，吴甡虽然想维持大局，但也是有心无力。
幸好这时史可法回京，也给朝廷上下打了一针强心剂，毕竟这时江淮战役中，史可法也一直坚守在扬州，在胜利之后也获得不少威信，因此大部份官员也都盼着史可法能够拔乱反正，恢复南京的秩序。而朱由崧也立刻加封史可法为兵部尚书并出任内阁首辅，马上整顿南京的秩序。
到底是经过了生死的战场，史可法总算是也学到了一些决断之力，首先立刻代商毅上奏给朝廷，并向整个南方宣布商毅对南京朝廷的支持态度。然后严令南京城中的百姓严守秩序，又把商毅给他的一个卫队营分成四部，在南京城中抓捕暴徒，敢拒捕者一率当场格杀，然后又强命令赵之龙，命他立刻分派人马，维持南京秩序，否则就撤职另选他人。
赵之龙这回也不敢不从了，只好调动人马，在南京城中巡逻搜查。