治期间，连年大兴土木，并且不断对外用兵，繁重的徭役、兵役使得田地荒芜，民不聊生。在这种环境里，刘仁轨自幼便过着清贫的生活。虽然生活条件很艰苦，但刘仁轨却能够“恭谨好学”。
从隋大业七年起，各地相继爆发了大规模的农民起义。战乱使刘仁轨无法正常谋生，很多时候都是清闲在家中。但刘并没有将这些宝贵的时间浪费，而是依旧专心学习，“每行坐所在，辄书空地，由是博涉文史。”
唐高祖武德初年，河南道大使、管国公任瑰将曾上表论事，刘仁轨见到草稿后，便提笔改了几个字，使所奏表章焕然一新。任瑰见到表章后，惊异不已，立即将刘仁轨补为息州参军。不久，又转任陈仓尉。
这些都是小官，刘仁轨真正露头是因为一件事情。他担任陈仓尉，就相当于本县的治安局长，专门治理安顺平民的官。但本地的折冲都尉，类似于今天的驻军团长，这个家伙仗着自己行政级别很高，骄纵无力，大恶不犯，小恶连连。
刘仁轨亲自去劝谏，反被骂了一顿。于是一个治安局长直接将驻军团长下狱，狱中这个团长见到刘仁轨还在骂，刘仁轨直接就让手下把这个家伙乱棍打死。
这事惊动了李世民，因为一个折冲都尉可是四五