员概由满族贵族组成，汉人不得参预。这种满族贵族专制的形式，不仅和皇帝独揽大权相抵触，而且也不利于清朝进一步争取各族特别是汉族上层的支持。所以康熙皇帝时又在宫内设南书房，简择词臣才品兼优者充任。南书房设立后，皇帝谕旨多命南书房翰林撰拟，从而削弱了议政王大臣会议的权力。
3、军机处——雍正在位期间，又于1729年（雍正七年）设立军机房，并于1732年（雍正十年）正式改称军机处，承旨办理机务，取代议政王大臣会议，剥夺了诸王预政的权力。参加军机处的军机大臣，由皇帝在满、汉大学士及各部尚书、侍郎中选定。其名称有“军机大臣”、“军机大臣上行走”等。为首者称为“领班”，亦称“首枢”。凡被选入军机处者，都是皇帝的亲信，完全听命于皇帝。皇帝通过军机处将机密谕旨直接寄给地方督抚，称为“廷寄”；各地督抚也将重大问题径寄军机处交皇帝审批，称为“奏折”。中间既不再经过内阁这道手续（“明发上谕”仍通过内阁下达），对邦国大政的处理更无需议政王大臣会议的议决。
军机大臣以下设章京等官，从六部员司和内阁中书里选用。章京的任务是缮写谕旨、记载档案、查核奏议，作军机大臣的辅助人员。章京也是满、汉