作战前后有独立的指挥权。从此之后，打仗的事情，文臣方面除了朱由栋特别指定，否则将不再对军人有指手画脚的可能。
而兵部以前武选司的职责，则由御马监接手：当然，将武将的人事权完全交给宦官是极不科学的。所以，这御马监随着权力的陡然增大，其内部的权力架构也进行了重组。新的御马监，掌印太监是刘时敏，但枢密院派出枢密副使，兵部派出侍郎长期在御马监坐堂，也是必然。与此同时，腾骧四卫以及京营全部裁撤，相关人员要么补充入新成立的野战军和驻屯军，要么进行分流。也能防止御马监的权力过渡膨胀。
在作战权和人事权被分割出去后，兵部剩下的就是后勤保障和装备制造了。为了安抚兵部的官员们，朱由栋也承诺，以后朝廷新建的兵工厂什么的，全部划给兵部管理——当然，装备是你负责造，但是用的人不满意，官司打到朕这里来了之后，如果确实是兵部理亏，朕还是会打你们板子的。
总之，这么一拆分重组后，直接带兵的将领想造反，首先是在造反准备阶段无法按照自己的想法在关键位置安插自己的亲信。其次是一旦造反，军饷、弹药全部断绝：这会儿都进入热兵器时代哪，没有枪弹钱粮，你怎么造反？
而管军官晋