。之后更是纵容李元吉以各种毫无理由的理由，除掉了李氏的许许多多枝叶，使他一家成为李氏硕果仅存一家，作为李氏家主，这一直是李仲文最大心病。
不过李渊是李唐王朝的皇帝，他心中再不满也不敢有丝毫异动，只能老老实实的当着他的巴西郡太守，因为李渊虽然任命他为骠骑大将军，但同时也把他最后的军权收回，从而使他这个骠骑大将军没有丝毫权力。所以当窦轨派人与他联络，说是要支持李世民发动宫廷政变时，李仲文毫不犹豫的投降了李世民，将忠于李渊的郡丞许洛仁给宰了，之后获得了赵国公的爵位。
这次，李仲文得窦轨引荐，成了六万大军的主帅，也算是圆了他的统帅之梦，而段元哲也确确实实是他麾下大将，不过此人依仗自己是李世民嫡系将领，十分不服李仲文这位主帅，平时更是阳奉阴违，当李世民让他们主动进攻隋朝的命令抵达巴西郡，李仲文和段元哲在进军方向上出现了矛盾。
李仲文认为汉川郡是隋朝占领了多年的疆域，即便他们偷袭成功也是后续乏力，一旦尉迟恭从顺政郡回师，得不到汉川军民支持的唐军最后也只能带着遗憾退回，与其牺牲无数将士做此无用功，倒不如进攻通川郡，毕竟唐朝在这里的民众基础比较好，而隋军刚刚攻