起兵于京兆郡鄠县，在关中给时为西京留守的杨侑造成巨大的麻烦，牵制了关中大部分隋军，有力的策应了李渊在并州的军事行动，李渊入主关中之后投桃报李，封他为太常少卿，后来出任行军总管，带兵坐镇并州，后来因为裴寂瞎指挥，破坏了李神符一切合理的部署，导致并州在不到一个月的时间内陷入大隋之手，而李仲文也因此战败被俘。战后被李渊重金赎回，并授予骠骑大将军之职，将之拉拢到了自己的身边。
然而李仲文却没有丝毫感恩之心，反而对李渊颇有怨言，原因有很多，首先是李渊入主关中之后，立即对功勋赫赫的李秀宁翻脸，不但把她和李仲文、何潘仁、向善志、丘师利辛辛苦苦建立起来娘子军拆分吞并干净，还把李秀宁贬为潼关守将，最后更是和亲给了杨侗，身为李渊嫡女的李秀宁尚且落到这步凄惨的田地，她麾下大将自然也好不到哪里去，李仲文和丘师利、何潘仁、向善志也通通被李渊打发去看门了，使他们这些立下大功的将领失去了一切权利。
但这只是一种不满，并不是李仲文怨恨李渊的根本原因，而根本原因是李渊过河拆桥，血洗了关陇贵族，虽然李仲文的家族属于窦氏派系，侥幸逃过了清洗之劫难，但也使他的家族失去了九成土地、九成奴隶和八成财富