武百官以及一众勋戚，齐聚东宫，请太子继位，朱慈烺辞让三次，无奈之下只得于乾清宫加冕登基接受百官朝拜，是为大明第十八代帝王。
新皇登基后发布第一道诏书，遥尊朱由检为太上皇，加尊号为“文成武德圣皇帝”，并言明，太上皇之意即为朕之意，天下但有不从者以欺君论处，此前规矩一如既往。
次年，朱慈烺改年号为“承乾”元年。
当年年底，朱由检结束为期一年的游玩返京，当晚，承乾帝夫妇携三个孩子，与永王、定王以及朱媺娖夫妇赴西苑探望父母，一家人言谈甚欢，期间朱慈烺再次提出将皇位还给父亲，但被朱由检含笑拒绝。
承乾八年，首辅卢象升致仕，承乾帝圣旨特赐其太子太傅、华盖殿大学士、特晋紫金光禄大夫、配享太庙。
同年原阁老陈奇瑜病逝，太上皇遣特使悼念，追授谥号“文成”，并准其配享太庙。
承乾十二年，田贵妃病逝。
承乾十四年，归家养老的秦良玉去世，太上皇大恸，特遣阁臣温侃亲往石柱土司吊唁，并追赠谥号“武毅”，准其配享太庙，另赠其家人银币一万枚。
承乾十七年，原首辅孙传庭逝世，年近七旬的太上皇亲往府上拜祭并洒泪当场，追赠谥号“