章程进行审理，但日方断然拒绝。其后清廷外务部于3月3日通知日本公使，拟请英国舰队司令对此案进行公断，也遭到日方的拒绝。面对日本和葡萄牙的外交压力清廷一再让步，3月6日清外务部照会日本公使，对二辰丸上日本国旗被中国士兵扯下一事表示歉意，并答应将办事失当之士兵加以惩戒。
但是日方仍不肯罢休，3月13日日本公使林权助向外务部提出解决该案的5项要求：一、立即放回二辰丸；二、在放还二辰丸时，中国兵舰鸣炮示歉；三、扣留的军火由中国购买，货价为21400日元；四、处置对扣留二辰丸负有责任的官员；五、赔偿此事件所造成的损失。
林权助声称只有全部答应这5项要求，二辰丸案才能和平了结，最终清廷于3月15日表示全部接受日方提出的无理条款。清政府全部接受日本方面的5项无理要求，按照条款要求广东水师要在九洲洋海面释放日商船二辰丸号，并鸣炮21响向二辰丸号致歉。
历史上这一幕发生时，许多岸上聚集的华夏人痛哭失声，消息传出举国上下引为大耻。同日粤商自治会为二辰丸案举行数万人大会，定当日为“国耻日”，当场烧毁日货，决定推行维护主权，抵制日货运动。
四十天内仅广州口岸日货