惩处。
于是水师将船货暂时扣留一齐带回黄埔，准备照章充公，所以撤去了这艘船所挂的日本国旗。
二辰丸是从日本神户出发，先于1月26日前往香港，并且在香港再装上1700吨石炭，于1月30日下午2时从香港起锚前往澳门。
日本的和泉舰一直注视着事态的发展，并且向日本外务省作出报告。日本和泉是英国造船所建造的一艘三级巡洋舰，1883年下水，1894年被日本购买，以前这艘军舰可以在华夏沿海耀武扬威，但广东水师有了陈浩补充的军舰后，日本这艘军舰完全不够看。
事件发生后，日本政府和葡萄牙殖民者及英人赫德进行干预，他们串通一气抵赖。2月14日，日本驻华公使林权助向清外务部发出抗议照会，硬说二辰丸拥有运载军火进入澳门的准单，因此不是走私船，而且该船并未在华夏领海卸货，卸货的地方属澳葡领海。
三方反诬清政府越境截捕商船，举动野蛮；要求清政府速放该船并交还国旗，严罚所有非法官员，并陈谢此案办理不善之意以儆效尤。葡公使柏德罗也于2月18日照会清廷外交部，指该船被拿有违葡国所领沿海权，并有碍葡萄牙主权。
最初清廷主张二辰丸案由中日双方按照海关