多少人反对，因为大家都是观望的态度。于是朱棣改变以往攻城夺地的战略，率军直捣南京。
建文四年，燕军渡过长江，兵临城下。此时的建文朝廷已经乱作了一团，很多地方将领按兵不动。齐泰、黄子澄借募兵为由，离京奔广德、苏州。左都督徐增寿密谋私通朱棣作为内应，被朱允炆察知，亲手将他砍死。守卫金川门的谷王朱穗和大将李景隆私自开门降燕，让燕军杀入城内。朱允炆闻报，流泪说道：“朕未曾薄待朱穗、李景隆等人，他们竟在紧要关头背叛于朕。”忠于建文帝的御史连楹假意投降朱棣，挨近马前行刺不成被朱棣所杀。朱允炆听说后叹道：“如此忠臣，朕却不重用，这是朕的过错，悔之不及，朕还不如一死以殉社稷吗。”说完拔刀就要自杀，被左右死命阻住，朱允炆无奈，又见警报迭传，下令纵火焚毁皇宫，朱棣杀入宫中，搜寻了三天，始终没有找到朱允炆
追问内侍，他们也不知朱允炆是死是活，只知他下令纵火后就不见了踪影。马皇后和大多数妃子、内侍都被烧死，内侍们怕朱棣不信，找了一具残骸说成是建文帝的尸骨。朱棣命人从灰烬拨出残骸，已是满身焦烂，四肢不全，分不清男女，只得下令以天子礼殓葬。
此时朱棣的靖难之役宣告成功，自