崇祯二年，公元1629年，还没等后金来进攻，明朝守军自己先乱了。
驻守宁远的来自于川、湖等地的士兵，因为军饷的事而哗变。
袁崇焕忙用计将他们平定，之后，他请求将宁远、锦州合为一镇，让祖大寿镇守锦州，何可刚替代朱梅驻宁远，赵率教守关门，袁崇焕自己驻宁远，同时上书给朱由检极力称赞祖大寿等三人的才能，并说自己五年复辽的计划全靠这三人来实现，如果五年后没有实现，他将亲手将这三人斩杀，自己到司法部门领罪服死。
朱由检见袁崇焕如此敢立军令状，对他更是信任，当下加封袁崇焕为太子太保，并赐给蟒衣银币。
也在这一年，袁崇焕以东江毛文龙虽然能牵制后金军，但毛文龙耗费的钱粮实在太大，当下上书请求让朝廷派人来管理毛文龙部的军饷。
毛文龙不喜欢有文官监制着自己，于是上书争辩。
之后，毛文龙前来拜谒袁崇焕，袁崇焕以上宾之礼接待毛文龙，毛文龙也不谦让，袁崇焕看到毛文龙如此作大，当下决定杀掉毛文龙。
同年五月，袁崇焕以阅兵为由去见毛文龙，毛文龙设宴与袁崇焕喝酒，俩人常常喝到半夜，毛文龙没有觉察到袁崇焕的来者不善。