朱由检搞死魏忠贤后，开始清算阉党。
此时的明朝中央政府机构中，遍布魏忠贤的死党，甚至一批魏党人物以弹劾魏忠贤的功臣自居，以图混淆视听。
为此，朱由检觉得清算魏党的战斗刻不容缓。
他先后任命曹师稷、颜继祖、宗鸣梧、瞿式耜等人为给事中，任命吴焕、叶成章、任赞化等人为御史，以纠弹魏党为职责，掀起一场大规模的清算风潮。
从天启七年，公元1627年十一月至崇祯二年，公元1629年三月，清查阉党逆案的罗网撒开。
除首逆魏忠贤、客氏之外，共列七类：首逆同谋六人，结交近侍十九人，结交近侍减等十一人，逆孽军犯三十五人，谄附拥戴军犯十五人，结交近侍又次等一百二十八人，祠颂四十四人，共计二百五十八人，分别定罪处置。与此同时，朱由检下令拆毁各地为魏忠贤建造的祠堂，规定宫中内监不得擅自出京，并要求各地镇守的太监立即办理移交手续，火速返回京城。
在定阉党逆案的同时，崇祯帝逐步展开平反昭雪活动，为一些受阉党迫害的东林党人恢复名誉。从理论上讲，褒扬正义，铲除邪恶，朱由检都一一做到了。
他除恶扬善，求的是上下齐心，