给予罢免官职，“赃多迹著者部院列其罪状，奏闻处治”。蠲免救济，减少百姓灾后的痛苦。抑止土地兼并，限田，制定了勋戚宗室依世次递减制度，清田，清查诡寄、花分钱粮和皇室勋戚田庄。
他亲贤远佞，一上台，就将朱厚熜信任与宠爱的方士王今、刘文斌等等一并逮捕，下狱论死。他对方士乱国，浪费钱财的恶迹早就恨之入骨，所以一上台就毫不手软的处死了这些大贼。同时欣赏那些在嘉靖一朝因为敢于冒犯皇帝，劝谏的那些忠臣，例如海瑞，他不但没有追究海瑞不尊敬其父的大不敬之罪，反而释放了他，还官复原职，不久又提升大理寺丞。
朱载坖统治期间，经济也带来了繁荣，尤其是他的隆庆开关。
隆庆元年，公元1567年，福建巡抚涂泽-民上书曰“请打开对外贸易，变私下贩卖为公开贩卖”。不久开放福建漳州府月港，并以月港为治所设立海澄县，设立督饷馆，负责管理私人海外贸易并征税。督饷馆对私人海外贸易管理的内容主要有：出海贸易的船只不得携带违禁物品；船主要向督饷馆领取船引并交纳引税。
此外，对日本的贸易仍在禁止之内，所有出海船只均不得前往日本。若私自前往，则处以“通倭”之罪。
同