商辂被贬出朝廷后，一直到了成化三年二月，才被召至京城，朱见深命他以原来的官职进入内阁。
商辂上奏推辞，朱见深说：“先帝已知你是冤枉的，就不要推辞了。”
商辂，终于迎来了他的治国。
他首先陈述勤奋学习、采纳谏议、储备将领、防守边疆、减省多余官员、设置义仓、尊崇先圣名号、广泛制定士法，共八件事。
朱见深赞许并采纳了。他所说的采纳谏议，是请求召回复用元年以后因进言而被贬斥的人，于是罗伦、孔公恂等全部回复了官职。
成化四年，彗星出现，给事中董旻、御史胡深等人弹劾不称职的大臣，都涉及商辂。
御史林诚攻击商辂曾经参与更换太子，不适宜任用，朱见深不听，商辂因此请求辞职。
朱见深愤怒，命令在朝廷查问那些进言的人，想给以严厉谴责。
商辂说：“臣曾经请求优待宽容进言的人，现在议论到臣反而责备他们，对公众舆论又怎么解释呢。”
朱见深非常高兴，董旻等各赐予手杖恢复官职。
不久，商辂进升为兵部尚书。
之后，发生了仁寿太后的田户与百姓争夺田地的事件。