庆历四年，欧阳修奉使河东时，就曾建议解除代州、宁化军、岢岚军、火山军沿边之地禁耕令，以增产粮食，供应边防军需，却为军帅明镐所阻。
十余年后，韩琦于至和二年，公元1055春再次建议，才得以实行，开垦田地9600顷。
嘉祐元年，公元1056年七月，韩琦被召还为三司使。八月，拜枢密使。
嘉祐三年六月，韩琦拜同中书门下平章事、集贤殿大学士。六年闰八月，迁昭文馆大学士、监修国史。
韩琦就职朝廷枢要位置，首先遇到的一大难题就是赵祯的建嗣问题。
赵祯三个儿子早亡，皇嗣迟迟未定，而从至和三年，公元1056年开始，赵祯就时常犯病，一时人心恐慌，议论纷纷。
大臣们接连上疏，极力劝说赵祯早立皇嗣以固根本，当中尤以包拯、范镇言辞恳切，但赵祯并不放在心上。
五六年过去，到了嘉祐六年，公元1061年，韩琦再提建储之事，认为“皇嗣者，天下安危之所系。自昔祸乱之起，皆由策不早定”，并与参知政事欧阳修等人再三苦劝，赵祯终于同意立堂兄濮安懿王赵允让之子宗实，赐名赵曙，为皇太子。
嘉祐八年，公元1063