嘉靖七年三月初八，叶尔姜主帅巴伊放弃了肃州城，并将麾下的万余人马拉回瓜州，打算集中优势兵力与徐晋决战，夺回敦煌三关，以打通返回叶尔姜的退路。
瓜州城中本来就有五千人留守，巴伊带着万余人返回后，城中的守军便达到了一万七千人，不过有三千是李大仁麾下的“伪军”，战力几乎可以忽略不计。
另外，巴伊还在嘉峪关中留了五千人马驻守，以防甘州的明军来攻，谁料甘州方面的都指挥使贺樟犯蠢，因为担心这是叶尔羌人的圈套，竟然连空了肃州城也不敢派兵去占领，就更别说越过肃州城，攻打嘉峪关了。
所以，贺樟不求有功，但求无过的保守做法，倒是让巴伊省事了，可以放心全力对付徐晋，而不必担心腹背受敌。
幸好，徐晋一开始便不指望甘州方面能够帮上忙，而且他此刻也无从得知关内的情况，要不然非气得吐血不可。
且说徐晋占领了敦煌一线三关后，除了派人用竹竿挑人头到沙州和嘉峪关外挑衅外，还派出大量的斥候盯着这两处的动静，所以叶尔羌主帅巴伊率着万余人出关返回瓜州的当天晚上，徐晋便收到消息了，当即召来诸将一合计，很快便推算出瓜州城中的兵力大概在一万五到两万之间。