后，今天参会的委员们将十二个城市又缩成了四个，这是目标选定委员会给出的结果，两个首选目标，两个备选目标。
在目标选择上，重要参考是目标的重要性，目标重要性越高，震慑效果越好，这是人类第一次用原子弹实战，因此遴选的标准要综合文物保护。科研、战后管理等因素，尤其是对原子弹现实破坏性的测量。
多方考虑过后，委员会选定了第一批城市，京都和广岛成为了首要进攻目标，而新潟和小仓曾成为了备选目标。
“诸位，这四个目标军事工业潜力高，城市直径在4.8km以上，地形平坦，爆炸冲击波的效果可以得到充分发挥，京都是日本故都，是一个拥有100万人口的巨大工业城市，他是目前日本最重要的军事生产中心。”
“广岛是现在日军指挥中枢之一，第二军总区司令部所在地，同时是日本陆军最大的集结地，这里有规模巨大的军需品、军火仓库、码头设施，此外城东还有铁路中转枢纽和军火制造、船舶维修等重工业设施。”
“小仓是小仓兵工厂所在地，厂区长达1.3公里，宽0.8公里，附近还有铁路辆厂、机械工厂和发电厂，这里也有攻击价值。”
“最后一个新潟，它濒临日本