崇祯十三年（公元1640年）三月初七，朱由检下诏罢各镇内臣。告谕道：“各镇内员，察饬已久。兵马、钱粮、器械等项，稍有改观，但战守防援，事权未能尽一。遂将总监、分守等内臣俱撤回京另用，凡边务一切钱粮、兵马、边防、剿御等事，着督、府、镇、道一意肩承。”
此时，蔡芝山已经攻破谷城。刘国能被高峻山、李自成困死在谷城三个月，粮草殆尽之时，刘国能的部将暗通蔡芝山，打开城门反了刘国能，谷城百姓也纷纷响应，蔡芝山趁此时机，率部攻入谷城，斩杀了义军的叛徒刘国能，其手下除少数负隅顽抗被处死之外，五六万人马全归顺了高峻山。
这样，高峻山的兵力已经达到了二十三万之众。
李自成协同高峻山困死刘国能后，挥兵东进河南攻占了新野、邓州，又打下了南阳，人马发展到五万。
李自成的发展壮大，无形中成为了高峻山北面的挡风墙，大大缓解了高峻山来自河南官军的压力。在这大好形势下，他再次把抢占川蜀的军事部署提到议事日程上来。
在军事会议上，意见高度统一，一致认为应该进军四川，但是，在进川的人选上却出现了一边倒的意见——反对由高峻山担任入川的主帅。