数学、古诗、古文等，学制为两年；
中年级的弟子仍继续深读《四书》、《五经》、《周礼》、《性理》、《资治通鉴纲目》，增加《文献通考》、《大学衍义》、《大学衍义补》等涉及实务的内容，同时增加有关数学、物理、天文、地理、农田水利、兵事兵法、古文古诗等方面的基本知识；
高年级的弟子仍继续深入钻研《四书》、《五经》、《周礼》，增加二十一史、典礼律令以及诸子百家关于经世致用、天文地理、农田水利、诗词古文等方面的书籍，同时进一步的分组学习，目前有十二个小组：军事，基础学科，天文航海，金属冶炼，医学，火药，枪炮制造，桥梁建筑，政治思想，戏曲、诗歌艺术，刑侦、谍报，信息传递，目的是培养一批专业化的人才。
冶炼所、矿业所、船舶所、车炮所、枪械所的顶尖技术人员都是高年级的客座教授。
高峻山每天上午给中低年级的弟子授一节课，给高年级的弟子授两节课。他知道，要推进科技的发展，必须是循序渐进的、长期的任务，经过这几年的努力，已经得到了可喜的成效，要使科技在明末有一个飞跃，路还很长。
书院在明朝的政治生活中，有着举足轻重的位置，三纲五常，天地君亲