了朱元璋的祖坟，放火焚烧了朱元璋祖坟的楼殿和龙兴寺。
朱相国的人头被挂在了东城头，程永宁、陈永龄、盛可学等四十余朝廷官员被诛杀，同时被杀的还有诸生、守陵太监上百人。
知府颜容喧躲进监狱里，换了囚服，想蒙混过关，被义军查出斩首。
消息传到北京，朝野上下震恐不安。朱由检身着素服布袍，到太庙祭告祖宗之灵，表示反省。
为了以儆效尤，下旨逮捕凤阳巡抚、都御使杨一鹏，论死弃市；巡按御史吴振缨因未及时奏闻，发往口外为民；兵部尚书张凤翼亦受到戴罪视事的处罚。
朱由检又下诏罪己，主动承担责任，说：“流氛震惊皇陵，祖恫民仇，罪实在朕。”
由于凤阳既是明王朝的中都，又是大运河漕运的重镇，所以明廷不得不重新考虑对付流寇的策略和部署。让祖宽统领前往剿贼；命山东巡抚朱大典接替凤阳巡抚，移驻凤阳；命总兵左光先控制临洮、巩昌、西安、汉中；命兵部尚书洪承畴要求其必须在六个月的时间内全部扫清河南、安徽境内的贼寇。又授洪承畴尚方宝剑，若有巡抚大臣不服调度、各路援师违反军纪者，可立置重典。
在明廷的敦促下，洪承畴举兵杀到汝宁。左