日后，给养又跟不上，士兵在暴雨之中为一个窝窝头而拔刀相见。
当时的场面十分的混乱，由抢劫斗殴演变成士兵哗变。孔有德被部下煽动，干脆就在吴桥发动兵变，史称“吴桥兵变“。
孔有德杀回山东半岛，连陷临邑、陵县、商河、青城诸城，率兵直趋登州。孙元化一面急令张焘率辽兵出城迎敌，一面督促总兵孙可大救援登州。让孙元化始料不及的是，张焘与孔有德是哥们，张焘的兵马随即投入孔有德行列，把来救援登州的张可大杀得大败。
登州中军耿仲明、陈光福也是孔有德的哥们，耿仲明、陈光福在登州城头举火开门响应，孔有德轻松占领了全城，自称都元帅。
当时在登州的孙元化也做了俘虏，他不愿与孔有德为伍，孔有德念及孙元化旧日恩情，放了孙元化。
孙元化出逃后，向明廷建议招抚孔有德，朱由检同意孙元化带罪招抚，但山东巡按王道纯却力主速剿，他藏匿了给孔有德的诏书，致使招抚失败。王道纯又暗中袭击孔有德，致使兵变事态扩大。
而孙元化的政敌，余应桂、李梦辰、路振飞等人，在朝中散布谣言，说孙元化已反。朱由检大怒，下令逮捕孙元化。
孙元化收到消息，知道自